股权转让印花税的计税依据通常是按照产权转移书据所列的金额来确定的，不包括列明的增值税税款。如果是应税合同、产权转移书据未列明金额的，印花税的计税依据则按照实际结算的金额确定。如果按照上述方法仍不能确定的，则按照书立合同、产权转移书据时的市场价格确定；如果依法应当执行政府定价或者政府指导价的，则按照国家有关规定确定。
在具体计算时，如果是纳税人转让其未全额实缴出资的股权份额，印花税计税依据是按照产权转移书据所列的金额确定，但不包括列明的认缴后尚未实际出资权益部分。
此外，个人股权转让的印花税可以享受减半征收的优惠政策，但这个优惠仅适用于转让非上市（挂牌）公司股权的情况。如果是转让上市公司（挂牌）股权，则属于证券交易印花税范畴，不享受该优惠政策。
在2024年10月1日起执行的新政策中，对企业改制、合并、分立、破产清算以及事业单位改制书立的产权转移书据，免征印花税。对县级以上人民政府或者其所属具有国有资产管理职责的部门按规定对土地使用权、房屋等建筑物和构筑物所有权、股权进行行政性调整书立的产权转移书据，也免征印花税。
