1.自产苗木销售：
如果是销售自产的苗木，根据《财政部 国家税务总局关于印发《农业产品征税范围注释》的通知》（财税字〔1995〕52号）规定，农业生产者销售的自产农业产品，包括林木产品，免征增值税。因此，应当开具免税发票。
2.外购苗木销售：
对于外购的苗木，不属于免税的范围，应当按照规定税率征收增值税。如果同时提供苗木种植服务，则属于混合销售行为，应按照财税〔2016〕36号文件混合销售行为开具发票。
3.开具发票的具体操作：
在开具发票时，应分别核算货物和建筑服务的销售额。自产自销的苗木免征增值税，应开具免税发票；提供园林绿化服务，按照建筑服务开具9%税率发票。
4.进项税额抵扣：
自2019年4月1日起，以农产品收购发票或自产农产品销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
5.税务合规性：
确保所有销售和采购活动符合税务合规要求，建立产销台账，理清时间脉络，详细记录苗木的购入、销出时间和具体情况，做到有迹可循，条理清晰。
6.避免涉税风险：
避免为了拉拢客户而多开发票或虚开发票，这种做法属于涉税违法行为，一经查处，会影响企业纳税信用，反而使得企业经营面临困境。
