如果小规模纳税人的销售额超过了免税标准，即月销售额超过10万元（季度销售额超过30万元），应按照以下步骤处理：
全额纳税：超过免税标准的部分需要按照规定的税率全额计算缴纳增值税。
纳税申报：在《增值税及附加税费申报表（小规模纳税人适用）》中，超过免税标准的销售额应填写在相应的栏次。具体来说，减按1%征收率征收增值税的销售额应填写在“应征增值税不含税销售额（3%征收率）”相应栏次，对应减征的增值税应纳税额按销售额的2%计算填写在“本期应纳税额减征额”及《增值税减免税申报明细表》减税项目相应栏次。
开具发票：小规模纳税人适用3%征收率销售收入减按1%征收率征收增值税政策的，应按照1%征收率开具增值税发票。如果纳税人选择放弃减税，可以开具3%的增值税专用发票。
预缴税款：对于需要预缴增值税的小规模纳税人，如果在预缴地实现的月销售额超过10万元的，适用3%预征率的预缴增值税项目，减按1%预征率预缴增值税。
选择纳税期限：小规模纳税人可以选择以1个月或1个季度为纳税期限，一经选择，一个会计年度内不得变更。
放弃免税：小规模纳税人取得应税销售收入，可以选择放弃免税并开具增值税专用发票。
综上所述，小规模纳税人在销售额超过免税标准后，需要按照规定全额计算并申报缴纳增值税，同时在开具发票和预缴税款时也要遵循相应的规定。
